Kiplingeberg bildades när Claes Eden, rådman och borgare i Uppsala, köpte gården Kiplinge 1653 av landshövdingen Svante Sparres änka Görvel Bååt. Claes Eden kallade på den tiden gården omväxlande för Kiplingeberg och Edenhof. Gården bebyggdes ståndsmässigt och blev – efter att Claes Eden adlats Edenberg – insynad som säteri 1656. En kartbild över gården från 1686 visar en typisk herrgård från mitten av 1600-talet med en storslagen barockpark öster om huvudbyggnaden. Huvudbyggnaden uppfördes i timmer, spånkläddes och målades med all sannolikhet röd. Av Claes Edens anläggningar på Kiplingeberg återstår idag, utöver huvudbyggnaden, ett sädesmagasin, den östra delen av parken med ruddammen samt en karpdamm belägen cirka 1,5 kilometer norr om gården.

Vid Claes Edens död ärvdes Kiplingeberg av hans son legationssekreteraren Mathias Edenberg, som i sin tur lämnade den till dottern Catharina, gift med ärkebiskopen Jakob Benzelius. Efter Catharinas död övertogs gården 1760 av sonen Mathias Benzelius, adlad Benzelstierna. Mathias Benzelstierna hade redan köpt några gårdar i trakten, bland annat Behmersberg (då kallad Tuppen!). Samma år som Mathias Benzelstierna tillträdde Kiplingeberg härjades gården av en eldsvåda varvid en del av Claes Edens byggnader brann ned. Förutom flera ekonomibyggnader förstördes även den södra flygeln. Mathias Benzelstierna tog genast itu med upprustningen av gården. Den nedbrunna flygeln ersattes av en ny och nya ekonomibyggnader uppfördes. Benzelstierna gav även huvudbyggnaden ett nytt, valmat mansardtak.

Benzelstierna dog ogift 1791 men hade kort före sin död instiftat sex olika jordfideikommiss till förmån för sina sex systersöner von Engeström. Den äldste systersonen Jakob von Engeström fick familjens huvudgård Kiplingeberg. Kiplingeberg fideikommiss kom att bestå i 220 år, fram till arvskiftet 2010 efter den siste fideikommissarien Mathias von Engeström. Gården ägs sedan dess av  Jakob von Engeström.

Källor: Nordisk familjebok (andra upplagans supplement, 1924) och Gunnar Elfström “Claes Edens största byggning; Bidrag till Kiplingebergs historia”; Årsboken Uppland 1976.